Národní referenční laboratoř pro patogenní aktinomycety
Národní referenční laboratoř pro patogenní aktinomycety provádí vyšetření kmenů aktinomycet a nokardií (vzácní ale závažní původci často smrtelných onemocnění) zasílaných k ověření z jiných mikrobiologických pracovišť v České republice, poskytuje konsiliární službu s doporučením léčby k případům onemocnění těmito patogeny, udržuje sbírku lyofilizovaných typových mikroorganismů. Laboratoř má dlouholetou tradici. Byla založena MUDr. J. Scharfenem, sen. v roce 1968.
Diagnostická a konzultační činnost pro diagnostická pracoviště v ČR
- Identifikace zaslaných kmenů
- Předběžná fenotypová identifikace
- Srovnávací fenotypová identifikace s typovými kmeny
- Vyšetření citlivosti orientační diskovou metodou (fenotypy rezistence) a vyšetření MIC diluční metodou v mikrodestičkách.
- Definitivní identifikace pomocí molekulárně genetických metod (sekvencování genu pro 16S rRNA, vyhodnocení v databázích sekvencí, např. GenBank)
- Závěrečná polyfázová identifikace s komplexní interpretací fenotypových a genotypových dat.
- Využití hmotové spektrometrie k identifikaci problémových grampozitivních baktérií řádu Actinomycetales
- Kultivační vyšetření klinických materiálů zaslaných z pracovišť klinické mikrobiologie v ČR
- Diferenciálně diagnostická konsiliární činnost s konzultací preanalytické fáze vyšetření
- Mikroskopické a kultivační vyšetření s vyšetřením citlivosti etiologického agens
- Konsilium k terapii individuálních případů onemocnění.
- Konziliární činnost v diferenciální diagnostice a terapii aktinomykózy a nokardiózy
- Telefonické a písemné konsiliární služby v souvislosti se zaslaným materiálem či kmeny nebo bez souvislosti s nimi pro klinické mikrobiology nebo pro kliniky – ošetřující lékaře.
Sbírka patogenních aktinomycet (CCTR)
Sbírka patogenních aktinomycet pracuje při NRL pro patogenní aktinomycety Oblastní nemocnice Trutnov a.s. V současné době je ve sbírce uloženo kolem 1000 kmenů. Jsou to zejména typové kmeny převzaté z českých a světových sbírek a izoláty kmenů z klinických případů onemocnění buď z vlastní praxe NRL a OLMI, nebo zaslané z pracovišť klinické mikrobiologie v ČR a na Slovensku. Kmeny tvoří cenný studijní materiál a slouží k ověřování metodického potenciálu NRL pro patogenní aktinomycety.
Vědecká činnost
- Spolupráce při identifikaci problémových bakteriálních izolátů pomocí sekvencování úklidových genů (RNDr.Martin Bunček, PhD., Mgr.Alena Víšková, GENERI BIOTECH, Hradec Králové) http://www.generi-biotech.com/…eri-biotech/
- Vyšetřování citlivosti a rezistence mikroaerofilních a aerobních aktinomycet (nokardií) na antibiotika (Spolupráce MUDr. Helena Žemličková, PhD., RNDr. Pavla Urbášková, CSc., Národní referenční laboratoř pro antibiotika, Státní zdravotní ústav Praha) http://www.szu.cz/cnctc, http://www.szu.cz/…-antibiotika
- Ribotypizace, sbírkové kmeny. (Doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc., Česká sbírka mikroorganismů Brno, Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně) http://www.sci.muni.cz/ccm/
- Spolupráce na identifikaci baktérií z okolního prostředí Ing.Václav Krištůfek, CSc., Mgr.Alica Chroňáková, PhD., Ústav půdní biologie, Biologické centrum Akademie věd, České Budějovice) http://www.upb.cas.cz/?…
- Identifikace pomocí průkazu mastných kyselin v systému SHERLOCK MIDI, s použitím databáze profilů mastných kyselin (Spolupráce Ing. Iva Porazilová a RNDr. Eva Krejčí, PhD Oddělení bakteriologie a mb technologie, Zdravotní ústav Ostrava) http://www.zuova.cz/…nrlpab24.php
- Identifikace atypických mykobaktérií Mgr. Vít Ulmann: Oddělení bakteriologie a mykologie, Centrum klinických laboratoří, Zdravotní ústav Ostrava http://www.zuova.cz/
- Pracovní skupina pro molekulární mikrobiologii TIDE. http://www.splm.cz/…biologii-tid
- Německá sbírka mikroorganismů DSMZ http://www.dsmz.de/
- Identifikace mikroorganismů pomocí sekvencování, databáze RIDOM (Univ.-Prof. Dr. med. Dag Harmsen, http://paro.klinikum.uni-muenster.de/)
- Identifikace mikroorganismů pomocí MALDI – TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization – Time of Flight) = hmotnostní spektrometrie na přístroji Microflex fy BRUKER – DALTONICS.